| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| Amplifikasyon ve Dizi Analizi Uygulamaları | TMB 619 | 0 | 3 + 2 | 4 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler | Moleküler Mikrobiyoloji |
| Dersin Dili | Türkçe |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Dr.Öğr.Üyesi TAYFUR DEMİRAY |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Kategorisi | Diğer |
| Dersin Amacı | Amplifikasyon ve Dizi Analizi Uygulamaları derslerinde, amplikasyon metotlarının ve dizi analiz metotlarının temel ilkeleri ve pratikte kullanılan yöntemler ile ilgili kavram ve uygulamaların aktarılması amaçlanmaktadır. |
| Dersin İçeriği | Amplifikasyon ve Dizi Analizi Uygulamaları dersleri, amplikasyon ve dizileme metodlarını tarihsel süreç, tanımlar ve kavramlar, klinik laboratuvar ve bilimsel uygulama alanları konularında temel bilgileri ve ileriye dönük laboratuvarda ve bilimsel araştırmalarda yarar sağlayacak bilgileri içermektedir. |
| # | Ders Öğrenme Çıktıları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
|---|---|---|---|
| 1 | Amplifikasyon metodları ile ilgili kavram ve yöntemleri öğrenir. | Anlatım, Soru-Cevap, Beyin Fırtınası, | |
| 2 | Dizileme metodları ile ilgili kavram ve yöntemleri öğrenir. | Beyin Fırtınası, Soru-Cevap, Anlatım, | |
| 3 | Klinik laboratuvarda kullanılan dizileme yöntemleri ile ilgili bilgi ve beceri sahibi olur. | Beyin Fırtınası, Soru-Cevap, Eğitsel Oyun, Anlatım, | |
| 4 | İleri dizileme yöntemleri ve analiz programları hakkında temel bilgileri öğrenir | Beyin Fırtınası, Soru-Cevap, Anlatım, |
| Hafta | Ders Konuları | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Moleküler Mikrobiyoloji Temel Kavramlar | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 2 | Sinyal Amplifikasyonu Metodları I | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 3 | Sinyal Amplifikasyonu Metodları II | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 4 | Sekans Analizi / Sanger Sekans | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 5 | Yeni Nesil Sekanslama | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 6 | Klinik Laboratuvarlarda Dizi Analiz Uygulamaları I | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 7 | Klinik Laboratuvarlarda Dizi Analiz Uygulamaları II | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 8 | İleri Dizi Analizinin İlke ve Yöntemleri | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 9 | Ökaryotik Genomik DNA Dizisinde Genlerin Tanımlanması | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 10 | Prokaryotik Genomik DNA Dizisinde Genlerin Tanımlanması | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 11 | Dizi Benzerlik Aramalarının İlkeleri | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 12 | Dizi Hizalama ve Benzerlik Aranması | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 13 | Smith-Waterman, FASTA VE BLAST Algoritmaları | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| 14 | BLAST Uygulamaları | Kaynakların, kılavuzların ve güncel bilimsel literatürün incelenmesi |
| Kaynaklar | |
|---|---|
| Ders Notu | Amplifikasyon ve Dizi Analizi Uygulamaları derslerinde her derse ait sunum, görsel, video ve uygulama klavuzları dersin özelliğine göre ders öncesinde ya da ders sırasında katılımcılar ile paylaşılacaktır. |
| Ders Kaynakları | Fundamental Molecular Biology. Lizabeth A. Allison Department of Biology College of William and Mary Williamsburg VA 23185, USA ISBN 13: 978-1-4051-0379-4 Nester’s microbiology : a human perspective.—Eighth edition / Denise G. Anderson, University of Washington, Sarah Salm, Borough of Manhattan Community College, Deborah Allen, Jefferson College. ISBN 978-0-07-352259-3 Published by McGraw-Hill Education, 2 Penn Plaza, New York, NY 10121. Methods in Molecular Biology vol 216, PCR Detection of Microbial Pathogens, Edited by Konrad Sachse, DR. RER. NAT.; Joachim Frey, PhD. Koonin EV, Galperin MY. Sequence - Evolution - Function: Computational Approaches in Comparative Genomics. Boston: Kluwer Academic; 2003. Chapter 4 Principles and Methods of Sequence Analysis |
| Sıra | Program Çıktıları | Katkı Düzeyi | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Sağlık Bilimlerine İlişkin Bilgi Toplama ve Edindiği Bilgileri Uygulama Becerisi | X | |||||
| 2 | Bilimsel Sorgulama ve Hipotez Oluşturma Becerisi | X | |||||
| 3 | Literatür Tarama ve Değerlendirme Becerisi | X | |||||
| 4 | Deney Tasarlama, Yapma, Verileri Analiz Edebilme ve Değerlendirebilme Becerisi | X | |||||
| 5 | Deneysel Araç ve Gereç Tanıma ve Uygun Şekilde kullanabilme Becerisi | X | |||||
| 6 | Disiplinler-arası Takım Çalışması Yapabilme Becerisi | X | |||||
| 7 | Tıbbi Problemleri Tanıma, Formülize Etme ve Çözme Becerisi | X | |||||
| 8 | Araştırmalarda ve Veri Analizlerinde Etkin Bilgisayar Kullanabilme Becerisi | X | |||||
| 9 | Yapılan deneysel çalışmaların Bilime Sağlayacağı Katkıyı Anlama Becerisi | X | |||||
| 10 | Etkin Yazılı ve Sözlü İletişim/Sunum Becerisi | X | |||||
| 11 | Mesleki ve Etik Sorumluluğu Anlama ve Uygulama Becerisi | X | |||||
| 12 | Yaşam Boyu Öğrenimin Önemini Kavrama ve Uygulama Becerisi | X | |||||
| 13 | Tıbbi mikrobiyoloji Eğitiminde Temel Kavramları Tanıma Becerisi | X | |||||
| 14 | Temel Kavramları Merkeze Alarak Etik Problemlere Yaklaşma Becerisi | X | |||||
| # | Ders Öğrenme Çıktılarının Program Çıktılarına Katkısı | PÇ 1 | PÇ 2 | PÇ 3 | PÇ 4 | PÇ 5 | PÇ 6 | PÇ 7 | PÇ 8 | PÇ 9 | PÇ 10 | PÇ 11 | PÇ 12 | PÇ 13 | PÇ 14 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | Amplifikasyon metodları ile ilgili kavram ve yöntemleri öğrenir. | ||||||||||||||
| 2 | Dizileme metodları ile ilgili kavram ve yöntemleri öğrenir. | ||||||||||||||
| 3 | Klinik laboratuvarda kullanılan dizileme yöntemleri ile ilgili bilgi ve beceri sahibi olur. | ||||||||||||||
| 4 | İleri dizileme yöntemleri ve analiz programları hakkında temel bilgileri öğrenir |
| Değerlendirme Sistemi | |
|---|---|
| Yarıyıl Çalışmaları | Katkı Oranı |
| Toplam | 0 |
| Toplam | 0 |
| AKTS - İş Yükü Etkinlik | Sayı | Süre (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) | 16 | 5 | 80 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) | 16 | 3 | 48 |
| Ödev | 2 | 4 | 8 |
| Final | 1 | 2 | 2 |
| Toplam İş Yükü | 138 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (Saat) | 5,52 | ||
| Dersin AKTS Kredisi | 6 | ||