| 1 |
Evrim tarihi: Evrim teorisinin geliştiği yıllarda doğa bilimleri |
Öğrencilerin, 18. ve 19. yüzyılda doğa bilimlerinin genel durumunu, özellikle biyoloji, jeoloji ve paleontoloji alanlarındaki temel gelişmeleri anlamaları önerilir. Ayrıca, evrim teorisinin ortaya çıkışına zemin hazırlayan bilimsel düşünce ve keşifler hakkında temel bilgi edinmeleri faydalı olacaktır. |
| 2 |
Evrimin klasik araçları, paleontoloji, morfoloji, fosil kanıtlar |
Öğrencilerin, paleontoloji, morfoloji ve fosil bilimi temel kavramları hakkında ön bilgi sahibi olmaları önerilir. Ayrıca, fosil kayıtlarının evrimsel süreçleri anlamadaki önemi ve canlıların yapısal özelliklerinin evrimsel ilişkiler üzerindeki rolü hakkında temel okuma yapmaları faydalı olacaktır. |
| 3 |
Moleküler evrim neleri içerir? |
Öğrencilerin moleküler biyoloji ve genetik temel kavramlarına hakim olmaları önerilir. DNA, RNA ve protein yapıları, genetik mutasyonlar, gen akışı ve doğal seçilim gibi moleküler düzeyde evrimi etkileyen mekanizmalar hakkında ön bilgi edinmeleri faydalı olacaktır. |
| 4 |
Temel moleküler evrimsel kavramla: ortoloji, paraloji |
Öğrencilerin genetik ve moleküler biyoloji temel kavramlarına hakim olmaları önerilir. Özellikle genlerin evrimsel ilişkileri bağlamında ortolog ve paralog gen kavramlarının tanımları ve farkları üzerine ön okuma yapmaları faydalı olacaktır. Ayrıca, gen çoğalmaları ve gen fonksiyonlarının evrimsel süreçteki rolü hakkında temel bilgi edinilmesi beklenir. |
| 5 |
Biyoinformatik |
Öğrencilerin temel bilgisayar bilimi ve moleküler biyoloji kavramlarına aşina olmaları önerilir. DNA, RNA ve protein dizilerinin analizi, veri tabanları kullanımı ve biyoinformatik araçları hakkında genel bilgi edinmeleri faydalı olacaktır. |
| 6 |
Temel biyoinformatik veritabanların kullanımı |
biyoinformat ik veritabanlarının temel yapısı ve işlevleri hakkında bilgi sahibi olmaları önerilir. Nükleik asit ve protein dizisi veritabanları (örneğin GenBank, UniProt) ile ilgili temel kavramların ve veri sorgulama tekniklerinin önceden incelenmesi faydalı olacaktır. |
| 7 |
FASTA, BLAST, CLUSTAL W |
Öğrencilerin biyoinformatikte sıklıkla kullanılan dizilim analiz araçları olan FASTA, BLAST ve CLUSTAL W hakkında temel bilgilere sahip olmaları önerilir. Bu programların dizilim karşılaştırma, benzerlik bulma ve çoklu dizilim hizalaması işlevleri üzerine ön okuma yapılması faydalı olacaktır. |
| 8 |
Restriksiyon analizleri, tekli ve çoklu kesimler |
DNA yapısı ve enzimlerin çalışma prensipleri hakkında temel bilgi sahibi olmaları önerilir. Restriksiyon enzimlerinin DNA üzerindeki kesim mekanizmaları, tekli ve çoklu kesim türleri ile ilgili temel kavramların önceden incelenmesi faydalı olacaktır. |
| 9 |
Ara sınav |
|
| 10 |
Filogenetik araçlar |
temel evrimsel biyoloji ve genetik kavramlarına hakim olmaları önerilir. Filogenetik ağaçların oluşturulması, benzerlik ve farklılıkların analiz edilmesi için kullanılan yöntemler ve yazılımlar hakkında temel bilgi edinmeleri faydalı olacaktır. |
| 11 |
Evrimsel ağaçlar : PAUP, MEGA, boot strapping |
Öğrencilerin filogenetik analizlerde kullanılan temel yazılımlar ve yöntemler hakkında bilgi sahibi olmaları önerilir. PAUP ve MEGA programlarının işlevleri, evrimsel ağaçların oluşturulması ve güvenilirliğinin değerlendirilmesinde bootstrapping yönteminin temel prensipleri üzerine ön okuma yapılması faydalı olacaktır. |
| 12 |
Hidropati eğrileri, protein ikinci üçüncül yapı tayinleri |
Öğrencilerin protein yapısı ve fonksiyonları hakkında temel bilgi sahibi olmaları önerilir. Hidropati eğrileri kullanılarak proteinlerin hidrofobik ve hidrofilik bölgelerinin belirlenmesi, ayrıca proteinlerin ikinci (alfa-heliks, beta-tabaka) ve üçüncül yapılarının analiz yöntemleri hakkında ön okuma yapılması faydalı olacaktır. |
| 13 |
Biyoinformatiğin eleştirisi: Nerede yeterli değildir? |
Öğrencilerin biyoinformatik yöntemlerin genel kullanım alanları hakkında bilgi sahibi olmaları önerilir. Ayrıca, biyoinformatiğin karşılaştığı sınırlamalar, veri kalitesi sorunları, algoritmik kısıtlamalar ve biyolojik verilerin yorumlanmasındaki zorluklar hakkında temel okuma yapmaları faydalı olacaktır. |
| 14 |
Evrimsel analizde izlenecek yol haritaları |
Öğrencilerin evrimsel analiz sürecinin temel aşamaları hakkında bilgi sahibi olmaları önerilir. Veri toplama, dizilim hizalaması, model seçimi, filogenetik ağaç oluşturma ve sonuçların değerlendirilmesi gibi adımların genel prensipleri üzerine ön okuma yapılması faydalı olacaktır. |
