| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| Biyobilişim | BSM 549 | 0 | 3 + 0 | 3 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | BSM234 Ayrık İşlemsel Yapılar dersini almış olmak |
| Önerilen Seçmeli Dersler | |
| Dersin Dili | Türkçe |
| Dersin Seviyesi | YUKSEK_LISANS |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Prof.Dr. NİLÜFER YURTAY |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Kategorisi | Diğer |
| Dersin Amacı | Biyolojik bilgiyi yönetmek, analiz etmek ve anlamak. |
| Dersin İçeriği | Moleküler biyoloji: temel kavramlar. Biyolojik veri akışı, Biyolojik veri tabanları erişim ve arama stratejileri. Biyolojik dizin hizalama algoritmaları (Dinamik programlama, ikili hizalama, çoklu hizalama). Biyobilişimde örüntü tanıma yöntemleri. Biyobilişimde kullanılan veri yapıları (Sonek ağaçları, karar ağaçları, çizgeler). Örnek problem ve uygulamalar (Protein ikincil yapı, tahmini, protein sınıflandırma, gen tanıma). |
| # | Ders Öğrenme Çıktıları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyolojik bilginin elde edilmesinde matematik, istatistik, genetik, biyokimya ve bilgisayar bilimlerini kapsayan disiplinler arası etkileşimi sağlayabilme becerisi | Anlatım, Soru-Cevap, Problem Çözme, | |
| 2 | İlgili veritabanları ile çalışabilme ve yönetebilme yeneteneği | Anlatım, Soru-Cevap, Problem Çözme, |
| Hafta | Ders Konuları | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Moleküler biyoloji nedir? Biyolojik veri akışı nasıldır? | 1. Hafta Sunusu |
| 2 | Biyolojik veri tabanları | 2. Hafta Sunusu |
| 3 | Biyolojik veri tabanları | 3. Hafta Sunusu |
| 4 | Biyolojik dizinler ve algoritmaları | 4. Hafta Sunusu |
| 5 | Biyobilişimde örüntü tanıma yöntemleri | 5. Hafta Sunusu |
| 6 | Yapay sinir ağları | 6. Hafta Sunusu |
| 7 | Markov modelleri | 7. Hafta Sunusu |
| 8 | Gruplama algoritmaları | 8. Hafta Sunusu |
| 9 | Biyobilişimdeki veri yapıları | 9. Hafta Sunusu |
| 10 | Sonek ağaçları, karar ağaçları | 10. Hafta Sunusu |
| 11 | Örnek problem:protein sınıflandırma | 11. Hafta Sunusu |
| 12 | Örnek problem:gen tanıma | 12. Hafta Sunusu |
| 13 | Proje çalışması | 13. Hafta Sunusu |
| 14 | Proje çalışması | 14. Hafta Sunusu |
| Kaynaklar | |
|---|---|
| Ders Notu | [1]http://cs.sakarya.edu.tr/nyurtay adresinde yayınladığım indirilebilir ders malzemeleri |
| Ders Kaynakları | [2]Jones,C.,N., Pevzner,P.,A.,An introduction to Bioinformatic Algorithms,The MIT Press, 2004. [3]R.A.Dwyer, Genomic Perl from Bioinformatics Basics to Working Code, Press Syndicate of the University of Cambridge,2003. [4] S.I.Letovsky, Bioinformatics: Databases and Systems (Hardcover),Kluwer Akademic Publisher,1999 |
| Sıra | Program Çıktıları | Katkı Düzeyi | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2 | 3 | 4 | 5 | |||
| 1 | Yaşadığı toplumun bilgi toplumu olmasına katkıda bulunmak, toplumsal, bilimsel, kültürel ve etik sorunlara çözüm sunmak amaçlarıyla alanındaki bilimsel, teknolojik, sosyal veya kültürel ilerlemeleri ulusal ve uluslararası bilimsel ortamlarda (toplantılarda) tanıtır. | ||||||
| 2 | Alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşır, alanında güncel teknik ve yöntemler ile bunların kısıtları hakkında kapsamlı bilgiye sahip olup ve elde ettiği bilgiyi değerlendirir, yorumlar ve uygular. | ||||||
| 3 | Alanı ile ilgili problemleri tanımlar ve formüle eder, yeni ve/veya özgün fikir ve yöntemler geliştirir; karmaşık sistem veya süreçleri tasarlar ve tasarımlarında yenilikçi/alternatif çözümler ile gelişmekte olan yenilikçi yöntemleri kullanır. | ||||||
| 4 | Kuramsal, deneysel ve modelleme esaslı araştırmaları tasarlar ve uygular, belirsiz, sınırlı ya da eksik verileri bilimsel yöntemlerle tamamlar; verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetir. | ||||||
| 5 | Alanındaki uygulamaların sosyal, çevresel, sağlık, güvenlik, hukuki boyutlarını ve iş hayatı uygulamalarını bilir ve bunların getirdiği kısıtların farkındadır. Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin bir biçimde birlikte ve ya bağımsız çalışabilir ve sorumluluk alır. | ||||||
| 6 | Bilgi ve İletişim Teknolojileri konularında ileri uygulamaları yapacak düzeyde genişlemesine ve derinlemesine bilgi sahibidir. | ||||||
| 7 | Tanımlanmış bilgi ve iletişim teknolojileri problemlerini çözmek için yöntem geliştirir ve bu yenilikçi yöntemleri uygular. | ||||||
| Değerlendirme Sistemi | |
|---|---|
| Yarıyıl Çalışmaları | Katkı Oranı |
| 1. Ara Sınav | 50 |
| 1. Kısa Sınav | 10 |
| 1. Ödev | 10 |
| 1. Sözlü Sınav | 10 |
| 2. Kısa Sınav | 10 |
| 2. Ödev | 10 |
| Toplam | 100 |
| 1. Yıl İçinin Başarıya | 50 |
| 1. Final | 50 |
| Toplam | 100 |
| AKTS - İş Yükü Etkinlik | Sayı | Süre (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) | 16 | 3 | 48 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) | 16 | 3 | 48 |
| Ara Sınav | 1 | 25 | 25 |
| Final | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 141 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (Saat) | 5,64 | ||
| Dersin AKTS Kredisi | 6 | ||