| Ders Adı | Kodu | Yarıyıl | T+U Saat | Kredi | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| Moleküler Modelleme ve Simülasyonlar | FZK 669 | 0 | 3 + 0 | 3 | 6 |
| Ön Koşul Dersleri | |
| Önerilen Seçmeli Dersler | |
| Dersin Dili | Türkçe |
| Dersin Seviyesi | Doktora |
| Dersin Türü | Seçmeli |
| Dersin Koordinatörü | Prof.Dr. UĞURSOY OLGUN |
| Dersi Verenler | |
| Dersin Yardımcıları | |
| Dersin Kategorisi | Diğer |
| Dersin Amacı | Kimyada moleküler düzey modelleme ve simülasyon uygulamalarına ait temel kavramların ve araştırma becerisinin kazandırılması |
| Dersin İçeriği | Moleküllerin bilgisayarda üç boyutlu görüntülenmesi. Model oluşturma. Minimum enerji hesaplamaları, bağ uzunlukları, bağ açıları. Moleküller arası kuvvetler. Moleküler modelleme teknikleri. Klasik ve modern yöntemler. Moleküler mekanik. Kuvvet alanı (force field) teknikleri. Paket programlar. Monte karlo, abinitio ve moleküler dinamik (MD) simülasyonlar. Yüzey ve ara yüzeylerin modellenmesi. Toplam enerji. Kohezyon ve adhezyon enerjisi. Çözünürlük parametresi. Difüzyon katsayısı. Moleküller arası etkileşimler. Katı, sıvı ve gaz faz simülasyon teknikleri. |
| # | Ders Öğrenme Çıktıları | Öğretim Yöntemleri | Ölçme Yöntemleri |
|---|---|---|---|
| 1 | Yüksek lisans veya doktora eğitimine başlamış olan öğrenciler bilgisayar ortamında yapılan modern modelleme ve simülasyon teknikleri ile teorik hesaplama yöntemleri hakkında temel bilgileri kazanır. | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| 2 | Öğrenciler teorik hesaplamalı kimya ile ilgili temel araştırma ve geliştirme faaliyetlerinin yürütülmesi konusunda gerekli bilgi ve beceri kazanır. | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| 3 | Kimyasal malzemelere yönelik hesaplamaları yapar | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| 4 | Temel bilgilerini kimya problemlerine uygular | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| 5 | Temel bilgileri analiz etme becerisi kazanır | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| 6 | Farklı konuları doğru ilişkilendirme yeteneğini geliştirir | Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Bireysel Çalışma, | Sınav, Ödev, |
| Hafta | Ders Konuları | Ön Hazırlık |
|---|---|---|
| 1 | Moleküllerin bilgisayarda üç boyutlu görüntülenmesi | |
| 2 | Model oluşturma | |
| 3 | Minimum enerji hesaplamaları, bağ uzunlukları, bağ açıları | |
| 4 | Moleküller arası kuvvetler | |
| 5 | Moleküler modelleme teknikleri. Klasik ve modern yöntemler | |
| 6 | Moleküler mekanik | |
| 7 | Kuvvet alanı (force field) teknikleri | |
| 8 | Paket programlar | |
| 9 | ARASINAV | |
| 10 | Monte karlo, ab initio ve moleküler dinamik (MD)simülasyonlar | |
| 11 | Yüzey ve ara yüzeylerin modellenmesi.Toplamenerji. Kohezyon ve adhezyon enerjisi | |
| 12 | Çözünürlük parametresi. Difüzyon katsayısı | |
| 13 | Moleküller arası etkileşimler | |
| 14 | Katı, sıvı ve gaz faz simülasyon teknikleri |
| Kaynaklar | |
|---|---|
| Ders Notu | |
| Ders Kaynakları | 1. HINCHLIFFE, A. Modelling Molecular Structures?, John Wiley and Sons Inc., HobokenNJ, 1995. 2. SCHLEYER, P.R., Encyclopedia of Computational Chemistry John Wiley and Sons Inc., Hoboken NJ, 2007. 3. YOUNG, D.C., Computational Chemistry, J.Wiley & Sons, NJ Hoboken, 2002. 4. Literatür. |
| Değerlendirme Sistemi | |
|---|---|
| Yarıyıl Çalışmaları | Katkı Oranı |
| 1. Ara Sınav | 70 |
| 1. Ödev | 15 |
| 1. Performans Görevi (Seminer) | 15 |
| Toplam | 100 |
| 1. Yıl İçinin Başarıya | 50 |
| 1. Final | 50 |
| Toplam | 100 |
| AKTS - İş Yükü Etkinlik | Sayı | Süre (Saat) | Toplam İş Yükü (Saat) |
|---|---|---|---|
| Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) | 16 | 3 | 48 |
| Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) | 16 | 3 | 48 |
| Ara Sınav | 1 | 15 | 15 |
| Ödev | 1 | 10 | 10 |
| Performans Görevi (Seminer) | 1 | 10 | 10 |
| Final | 1 | 20 | 20 |
| Toplam İş Yükü | 151 | ||
| Toplam İş Yükü / 25 (Saat) | 6,04 | ||
| Dersin AKTS Kredisi | 6 | ||