Ders Adı Kodu Yarıyıl T+U Saat Kredi AKTS
Mikrobiyolojide Moleküler Tanı Yöntemleri ve Omik Yaklaşımlar CEM 611 0 3 + 0 3 6
Ön Koşul Dersleri
Önerilen Seçmeli Dersler
Dersin Dili Türkçe
Dersin Seviyesi Doktora
Dersin Türü Seçmeli
Dersin Koordinatörü Prof.Dr. NURTAÇ ÖZ
Dersi Verenler
Dersin Yardımcıları
Dersin Kategorisi Alanına Uygun Öğretim
Dersin Amacı

Son yıllarda Moleküler Biyoloji alanında gerçekleşen hızlı gelişmeler sonucunda gelişen biyoteknoloji ile birlikte mikrobiyoloji de yeniden şekillenmeye başlamıştır. Geleneksel laboratuvar tekniklerin yanında kültüre edilemeyen mikroorganizmaları tanımlamak, karışık ortamda mikrobiyal komünitelerin filogenetik yapısının analizi, kompozisyonu ve fizyolojisini anlamak mümkün hale gelmiştir.

Dersin amacı, güncel moleküler araçlar, DNA-tabanlı teknolojiler ile RNA çalışmaları için yeni metotlar ve çevresel örneklerden ekstrakte edilen proteinleri de kapsayan geniş bir alanı incelemektir. Son yıllarda çeşitli habitatlardaki mikropları tanımlamak ve fonksiyonlarını anlamak için Omik yaklaşımların kullanılması büyük önem taşımaktadır. 

Dersin İçeriği

Bu derste işlenecek konular, 16S - 18S rRNA genlerinin filogenetik markır olarak kullanılması, metagenomik, metaproteomik, mikroarray ve moleküler fingerprinting teknikleri yer almaktadır. Moleküler tanı uygulamalarının odaklanılacağı numuneler; toprak, deniz, atıksu numuneleridir. Son olarak da mikrobiyal biyofilmlerin genetik ve çevresel uygulamaları tartışılacaktır. Derste işlenecek konular, aşağıda başlıklar halinde özetlenmiştir. 

I. Görüntüleme Teknikleri

II. Nükleik Asit- tabanlı Metotlar ile Analiz

III. Çevre Mikroorganizmalarının Karakterizasyonunda Omik Yaklaşımlar ve Biyoinformatik

# Ders Öğrenme Çıktıları Öğretim Yöntemleri Ölçme Yöntemleri
1 Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi. Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Sınav,
2 Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Sınav,
3 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi. Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Sınav, Performans Görevi,
4 Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi. Anlatım, Grup Çalışması, Bireysel Çalışma, Sınav, Performans Görevi,
5 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi. Anlatım, Bireysel Çalışma, Sınav, Performans Görevi,
6 Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi. Soru-Cevap, Sınav, Performans Görevi,
Hafta Ders Konuları Ön Hazırlık
Kaynaklar
Ders Notu

1. Ian L.Pepper, Charles P. Gerba, Terry J. Gentry: Environmental Microbiology (Academic Press Elsevier, 2015, 3th Edition) kaynağına ait ppt sunuları.

2. Nielsen P.H., Daims H., Lemmer H.: FISH Handbook for Biological Wastewater Treatment (IVA Publishing, 2009).

3. Zengler K.: Accessing Uncultivated Microorganisms from The Environment to Organisms and Genomes and Back (ASM Press, 2008).

4. Temizkan G., Arda N.: Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler (Nobel Tıp Kitabevleri, 2004).

Ders Kaynakları

1. Ian L.Pepper, Charles P. Gerba, Terry J. Gentry: Environmental Microbiology (Academic Press Elsevier, 2015, 3th Edition).

2. Nielsen P.H., Daims H., Lemmer H.: FISH Handbook for Biological Wastewater Treatment (IVA Publishing, 2009).

3. Zengler K.: Accessing Uncultivated Microorganisms from The Environment to Organisms and Genomes and Back (ASM Press, 2008).

4. Temizkan G., Arda N.: Moleküler Biyolojide Kullanılan Yöntemler (Nobel Tıp Kitabevleri, 2004).

Sıra Program Çıktıları Katkı Düzeyi
1 2 3 4 5
1 Mühendislik alanında bilimsel araştırma yaparak bilgiye genişlemesine ve derinlemesine ulaşabilme, bilgiyi değerlendirme, yorumlama ve uygulama becerisi
2 Sınırlı ya da eksik verileri kullanarak bilimsel yöntemlerle bilgiyi tamamlayabilme ve uygulama becerisi; değişik disiplinlere ait bilgileri bütünleştirebilme becerisi
3 Mühendislik problemlerini kurgulayabilme, çözmek için yöntem geliştirme ve çözümlerde yenilikçi yöntemler uygulama becerisi
4 Yeni ve orijinal fikir ve yöntemler geliştirme becerisi; sistem, parça veya süreç tasarımlarında yenilikçi çözümler geliştirebilme becerisi
5 Mühendislikte uygulanan modern teknik ve yöntemler ile bunların sınırları hakkında kapsamlı bilgi
6 Analitik, modelleme ve deneysel esaslı araştırmaları tasarlama ve uygulama becerisi; bu süreçte karşılaşılan karmaşık durumları analiz etme ve yorumlama becerisi
7 Gereksinim duyulan bilgi ve verileri tanımlama, bunlara ulaşma ve değerlendirmede ileri düzeyde beceri
8 Çok disiplinli takımlarda liderlik yapma, karmaşık durumlarda çözüm yaklaşımları geliştirebilme ve sorumluluk alma becerisi
9 Çalışmalarının süreç ve sonuçlarını, o alandaki veya dışındaki ulusal ve uluslar arası ortamlarda sistematik ve açık bir şekilde yazılı ya da sözlü olarak aktarabilme becerisi
10 Verilerin toplanması, yorumlanması, duyurulması aşamalarında ve mesleki tüm etkinliklerde toplumsal, bilimsel ve etik değerleri gözetme yeterliliği
11 Mesleğinin yeni ve gelişmekte olan uygulamaları hakkında farkındalık; gerektiğinde bunları inceleme ve öğrenebilme becerisi
12 Mühendislik uygulamalarının sosyal ve çevresel boyutlarını anlama ve sosyal çevreye uyum becerisi
Değerlendirme Sistemi
Yarıyıl Çalışmaları Katkı Oranı
1. Kısa Sınav 30
1. Performans Görevi (Seminer) 70
Toplam 100
1. Final 50
1. Yıl İçinin Başarıya 50
Toplam 100
AKTS - İş Yükü Etkinlik Sayı Süre (Saat) Toplam İş Yükü (Saat)
Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) 16 3 48
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) 16 3 48
Ara Sınav 1 10 10
Performans Görevi (Seminer) 1 30 30
Final 1 10 10
Toplam İş Yükü 146
Toplam İş Yükü / 25 (Saat) 5,84
Dersin AKTS Kredisi 6