Course Name Code Semester T+U Hours Credit ECTS
Biyobilişime Giriş BSM 434 8 3 + 0 3 5
Precondition Courses
Recommended Optional Courses
Course Language Türkçe
Course Level Lisans
Course Type Seçmeli
Course Coordinator Doç.Dr. NİLÜFER YURTAY
Course Lecturers
Course Assistants -
Course Category
Course Objective Biyolojik bilgiyi yönetmek, analiz etmek ve anlamak.
Course Content Moleküler biyoloji: temel kavramlar. Biyolojik veri akışı, Biyolojik veri tabanları erişim ve arama stratejileri. Biyolojik dizin hizalama algoritmaları (Dinamik programlama, ikili hizalama, çoklu hizalama). Biyobilişimde örüntü tanıma yöntemleri. Biyobilişimde kullanılan veri yapıları (Sonek ağaçları, karar ağaçları, çizgeler). Örnek problem ve uygulamalar (Protein ikincil yapı, tahmini, protein sınıflandırma, gen tanıma).
# Course Learning Outcomes Teaching Methods Assessment Methods
1 Biyolojik bilginin elde edilmesinde matematik, istatistik, genetik, biyokimya ve bilgisayar bilimlerini kapsayan disiplinler arası etkileşimi sağlayabilme becerisi Anlatım, Soru-Cevap, Tartışma, Alıştırma ve Uygulama, Örnek Olay, Sınav , Sözlü Sınav, Ödev,
2 İlgili veritabanları ile çalışabilme ve yönetebilme yeneteneği Alıştırma ve Uygulama, Grup Çalışması, Sözlü Sınav, Proje / Tasarım,
Week Course Topics Preliminary Preparation
1 Moleküler biyoloji nedir? Biyolojik veri akışı nasıldır? [1] 1. Hafta Sunusu
2 Biyolojik veri tabanları [1] 2. Hafta Sunusu
3 Biyolojik veri tabanları [1] 3. Hafta Sunusu
4 Biyolojik dizinler ve algoritmaları [1] 4. Hafta Sunusu
5 Biyobilişimde örüntü tanıma yöntemleri [1] 5. Hafta Sunusu
6 Yapay sinir ağları [1] 6. Hafta Sunusu
7 Markov modelleri [1] 7. Hafta Sunusu
8 Gruplama algoritmaları [1] 8. Hafta Sunusu
9 Biyobilişimdeki veri yapıları [1] 9. Hafta Sunusu
10 Sonek ağaçları, karar ağaçları [1] 10. Hafta Sunusu
11 Örnek problem:protein sınıflandırma [1] 11. Hafta Sunusu
12 Örnek problem:gen tanıma [1] 12. Hafta Sunusu
13 Proje çalışması [1] 13. Hafta Sunusu
14 Proje çalışması [1] 14. Hafta Sunusu
Resources
Course Notes [1]EBS Ders Notları
Course Resources [2]Jones,C.,N., Pevzner,P.,A.,An introduction to Bioinformatic Algorithms,The MIT Press, 2004.
[3]R.A.Dwyer, Genomic Perl from Bioinformatics Basics to Working Code, Press Syndicate of the University of Cambridge,2003.
[4] S.I.Letovsky, Bioinformatics: Databases and Systems (Hardcover),Kluwer Akademic Publisher,1999
Order Program Outcomes Level of Contribution
1 2 3 4 5
1 Matematik, fen bilimleri ve ilgili mühendislik disiplinine özgü konularda yeterli bilgi birikimi; bu alanlardaki kuramsal ve uygulamalı bilgileri, karmaşık mühendislik problemlerinde kullanabilme becerisi. X
2 Karmaşık mühendislik problemlerini saptama, tanımlama, formüle etme ve çözme becerisi; bu amaçla uygun analiz ve modelleme yöntemlerini seçme ve uygulama becerisi. X
3 Mühendislik uygulamalarında karşılaşılan karmaşık problemlerin analizi ve çözümü için gerekli olan modern teknik ve araçları geliştirme, seçme ve kullanma becerisi; bilişim teknolojilerini etkin bir şekilde kullanma becerisi. X
4 Karmaşık bir sistemi, süreci, cihazı veya ürünü gerçekçi kısıtlar ve koşullar altında, belirli gereksinimleri karşılayacak şekilde tasarlama becerisi; bu amaçla modern tasarım yöntemlerini uygulama becerisi. X
5 Karmaşık mühendislik problemlerinin veya disipline özgü araştırma konularının incelenmesi için deney tasarlama, deney yapma, veri toplama, sonuçları analiz etme ve yorumlama becerisi. X
6 Bilişim Teknolojilerinin yönetim, denetim, gelişim ve güvenliği/güvenilirliği hakkında bilgi sahibi olma ve farkındalık, X
7 Disiplin içi ve çok disiplinli takımlarda etkin biçimde çalışabilme becerisi; bireysel çalışma becerisi. X
8 Türkçe sözlü ve yazılı etkin iletişim kurma becerisi; en az bir yabancı dil bilgisi; etkin rapor yazma ve yazılı raporları anlama, tasarım ve üretim raporları hazırlayabilme, etkin sunum yapabilme, açık ve anlaşılır talimat verme ve alma becerisi. X
9 Yaşam boyu öğrenmenin gerekliliği bilinci; bilgiye erişebilme, bilim ve teknolojideki gelişmeleri izleme ve kendini sürekli yenileme becerisi. X
10 Etik ilkelerine uygun davranma, mesleki ve etik sorumluluk bilinci; mühendislik uygulamalarında kullanılan standartlar hakkında bilgi.
11 Proje yönetimi, risk yönetimi ve değişiklik yönetimi gibi, iş hayatındaki uygulamalar hakkında bilgi; girişimcilik, yenilikçilik hakkında farkındalık; sürdürülebilir kalkınma hakkında bilgi. X
12 Mühendislik uygulamalarının evrensel ve toplumsal boyutlarda sağlık, çevre ve güvenlik üzerindeki etkileri ve çağın mühendislik alanına yansıyan sorunları hakkında bilgi; mühendislik çözümlerinin hukuksal sonuçları konusunda farkındalık.
Evaluation System
Semester Studies Contribution Rate
1. Ara Sınav 50
1. Kısa Sınav 10
1. Ödev 20
1. Sözlü Sınav 10
2. Kısa Sınav 10
Total 100
1. Yıl İçinin Başarıya 50
1. Final 50
Total 100
ECTS - Workload Activity Quantity Time (Hours) Total Workload (Hours)
Ders Süresi (Sınav haftası dahildir: 16x toplam ders saati) 16 3 48
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi(Ön çalışma, pekiştirme) 16 3 48
Ara Sınav 1 10 10
Ödev 1 15 15
Final 1 10 10
Total Workload 131
Total Workload / 25 (Hours) 5.24
dersAKTSKredisi 5